En 2019, la ministre allemande de la Défense devient, avec une courte majorité (383 voix sur 747, soit 51,3 %), la première femme à la tête de l’exécutif européen. Elle démissionne alors du gouvernement d’Angela Merkel et rejoint la commission le 1er décembre de la même année. Outre-Rhin, sa cote de popularité est pourtant sous la barre des 30 %. Selon une étude d'opinion réalisée pour le quotidien Bild, les Allemands la perçoivent alors comme la deuxième personne la moins compétente au gouvernement. Après le Conseil européen de juillet 2019, seuls 33 % des Allemands sondés par l’institut Infratest Dimap estiment qu’elle ferait une bonne Présidente de la Commission européenne. Prémonitoire ? Depuis, Ursula von der Leyen traîne son ambivalence dans les couloirs de la commission européenne.

Bénéficiant d’une popularité relativement élevée en Allemagne en 2005, Ursula Von der Leyen, voit les bonnes opinions en sa faveur diminuer lors de son passage au ministère de la Défense dès le mois de décembre 2013. Alors que l’armée lui reproche ses méthodes de travail, elle est régulièrement accusée de mauvaise gestion du budget de son ministère. Arrivée pour mettre de l’ordre dans les contrats d’armement et remédier à l’obsolescence du matériel militaire, il lui est reproché de n’accomplir cette mission que partiellement. Des avions de chasse et de transport militaire resteront cloués au sol et de nombreux hélicoptères ne seront jamais été remis en état de voler. 

Au début de son mandat, Ursula Von der Leyen s’était pourtant s'engagé à mieux gérer le budget pour le matériel militaire après avoir publié un rapport préparé, à sa demande, par des consultants, conseillers et autres sous-traitants privés dont KPMG, sur les échecs répétés du contrôle des fournisseurs, des coûts et des délais de livraison. Les interrogations portent aussi sur le flou entourant les conditions d'attribution de ces contrats de consultances et sur la réelle nécessité de recourir à des sociétés externes au regard de leur coût : plus de 200 millions d’euros en deux ans au ministère. La Cour des comptes fédérale allemande jugera ces dépenses « douteuses ». En 2018, Ursula Von der Leyen reconnaîtra d’ailleurs cette « erreur ». La presse évoquera du « copinage » évident avec des lobbyistes. En février 2020, la ministre sera appelée à témoigner devant la commission d'enquête du Bundestag. Autre question qui attisera (déjà) la polémique : pourquoi tous les messages que contenaient son téléphone portable de service ont-ils été supprimés alors que la commission d'enquête avait demandé d’y accéder ?

Nouvelle polémique, en novembre 2021, au moment de la Cop26, le sommet sur les changements climatiques qui se tient à Glasgow, les fréquents voyages officiels de la Présidente de l’exécutif en avion privé sur de petites distances sont épinglés par la presse. Sur 34 voyages officiels, Ursula Von de Leyen utilise 18 fois des jets privés pour se rendre sur place. Dont une fois pour un trajet de 50 kilomètres. C’est The Telegraph qui pointe cette information. Le trajet démarrait à Vienne pour se terminer à Bratislava. Et ce n’est pas le seul trajet court de la Présidente. En 2020, elle aurait également pris plusieurs fois un jet reliant Bruxelles à Londres dans le cadre des négociations commerciales liées au Brexit.

En janvier 2022, une enquête ouverte par un organisme de surveillance de l'UE sur les SMS envoyés par Ursula von der Leyen au PDG de Pfizer donne un nouveau coup de projecteur sur la Cheffe de l’exécutif européen. Lors d’une conférence de presse qui se tient à Strasbourg, le 16 février suivant, des députés européens reprochent à Ursula von der Leyen de ne pas avoir divulgué les textos qu’elle a échangés en 2021 avec Albert Bourla, le directeur général de la société pharmaceutique, sur les achats de vaccins contre le Covid. La médiatrice de l’Union Européenne, Emily O’Reilly, se verra refuser l’accès au contenu de ces textos. Plus de la moitié des 4,2 milliards de doses contre le Covid-19 achetées ou réservées par l’UE ont été fournies par le duo américano-allemand Pfizer/BioNTech, mais les aspects-clés des contrats avec les laboratoires sont restés confidentiels, ce qui a aussi été dénoncé par des ONG et des eurodéputés. L’organisme de surveillance de l'UE conclura que Ursula Von der Leyen était coupable de « mauvaise administration ».

Si l’affaire ne fait plus grand bruit depuis plusieurs mois, elle a toujours le potentiel de faire trembler Ursula von der Leyen. Le 14 février 2023, le journal américain The New York Times a saisi la justice pour obliger la Commission européenne à publier des SMS échangés entre la présidente de la Commission et le patron de Pfizer.

En juin 2022, trois figures du groupe Renew (libéraux) au Parlement européen appellent à soumettre au vote des eurodéputés une motion de censure contre la commission d’Ursula Von der Leyen. Il lui est reproché son feu vert au plan de relance polonais malgré les manquements de Varsovie sur l’état de droit.« Si Ursula von der Leyen, présidente de la Commission européenne continue de refuser à appliquer sérieusement les règles de conditionnalité sur l’état de droit qui visent à conditionner le versement de fonds européens au strict respect par les États membres des droits fondamentaux, nous lui retirons notre soutien », déclare alors  le député Guy Verhofstadt.

Depuis le début de la guerre en Ukraine, le 24 février 2022, malgré les sanctions imposées à la Russie, l’Europe subit un retour de manivelle d’un point de vue énergétique. Les prix explosent. L’inflation s'établit à 9,1%. La croissance ralentit passant de 6,1% en 2021 à 3,2% en 2022. Dans ce contexte tendu, Ursula Von der Leyen fait une nouvelle sortie de route malencontreuse lors de son discours sur l’état de l’Union prononcé le 14 septembre. Après son intervention, les différents leaders des groupes politiques du Parlement européen prennent la parole pour débattre du discours. C’est là qu’elle répond à la député Manon Aubry (La Gauche) que les factures d'énergie sont effectivement devenues « insupportables » pour beaucoup, mais détournera les critiques, en lançant : « Envoyez ces factures à Moscou, c'est là qu'elles doivent être ». Un commentaire qui passera très mal dans l’hémicycle. 

Le député Martin Sonneborn (Die PARTEI) intervient alors dans l’hémicycle et résume son ressenti par ces mots : « pour nous détachez d’un fournisseur de gaz menant une guerre d’agression brutale, Poutine, vous nous trouvez quelqu’un qui mène une brutale guerre d’agression, Alieyv (…). L’ancienne dictature que vous avez déclaré partenaire de confiance s’en prend actuellement à l’Arménie démocratique (…) Quand vous avez commencé votre service, je vous savais juste incompétente et un peu criminelle, je sais aussi à présent que vous êtes d’un liberté morale impressionnante (…) Je ne sais rien de plus sur l’Europe, sauf qu’il ne faut pas laisser l’Europe à la Leyen »