En novembre 2018, le scientifique, formé en Chine et aux États-Unis, annonce la naissance de jumelles connues sous leurs pseudonymes, Lulu et Nana. Elles sont les premiers êtres humains génétiquement modifiés à l'aide de CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). Il a déclaré qu’il avait modifier leur gène CCR5 situé sur le chromosome 3, avant de réimplantés les embryons, afin que les petites filles soient plus résistantes au virus du sida, puisque leurs deux parents étaient infectés. Une troisième bébé serait également né, sans autre précision, après que He Jiankui ait implanté un troisième embryon génétiquement modifié dans une deuxième femme. Il a alors beaucoup été spéculé sur la possibilité que d'autres scientifiques suivent ses traces. 

Entre révolution et terreur, l’affaire fait grand bruit d’un point de vue bioéthique. Les scientifiques condamnent le chercheur, affirmant que la technologie d'édition de gènes est trop prématurée pour être utilisée à des fins de reproduction. Ils précisent également que l'expérience est problématique car elle risque d'introduire une mutation aux effets potentiellement nocifs tout en offrant peu d'avantages. À la suite de ce scandale, la communauté internationale a appelé à un moratoire sur l'édition de gènes dans les embryons et les cellules germinales. Si en 2019, le Times classe He Jiankui parmi les 100 personnes les plus influentes de l’année, les controverses juridiques entraînent dans la foulée la mise en examen du chercheur. Les sanctions qui s’en suivent mettent fin aux spéculations sur la possibilité que le gouvernement chinois utilise les résultats de He Jiankui à grande échelle.

Le passage par la case prison ne semble toutefois pas avoir brisé les ambitions du chercheur. Dans une récente interview accordée à El País, il avoue : « J'ai fait les choses trop vite. Mes prochaines recherches seront transparentes et ouvertes à tous. Tout sera publié sur les médias sociaux et examiné par un comité d'éthique et une équipe internationale de scientifiques ». He Jiankui a, par ailleurs, publié sur les médias sociaux un certain nombre de photos de personnes supposées souffrir de maladies génétiques. « Mon objectif est de réunir un milliard de yuans (147 millions de dollars) auprès de Jack Ma, le fondateur d'Alibaba, Huateng Ma, le fondateur de Tencent, et d'autres milliardaires. Le premier don que j'ai reçu vient des États-Unis ». Il affirme qu'il sera en mesure de guérir certaines maladies génétiques dans environ trois ans s'il parvient à réunir autant d'argent.

Le cas de He Jiankui a été à ce point médiatisé qu'en décembre 2022 est sorti Make people better, un film documentaire qui se penche la génétique et son travail, ainsi que sur les ombres d’un domaine de la connaissance encore en pleine ébullition.